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細胞轉錄組數(shù)據(jù)整合可推測ATCC細胞分化

時間:2017-12-15閱讀:104
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ATCC細胞轉錄組測序技術作為強大的方法應用于分析發(fā)育和重編程過程的細胞異質性。分析細胞間異質性的關鍵目標就是尋找未知的細胞狀態(tài)或重構細胞譜系的發(fā)育軌跡。單細胞轉錄組數(shù)據(jù)中可能會包含一些生物或非生物的干擾因子(如細胞周期),現(xiàn)有的計算生物學分析方法往往需要先根據(jù)分析人員的判斷去除這些因子。

在很多情況下,細胞周期調控對發(fā)育和細胞分化起重要作用,比如G1和M期的長短調控神經(jīng)細胞命運決定。研究表明,在小鼠胚胎發(fā)育中,神經(jīng)發(fā)育是分步調控的過程。近年的研究闡明較多參與神經(jīng)命運決定的分子和信號通路,然而,是否有其他因子以及這些因子如何相互作用調控神經(jīng)命運決定尚未確定。

曾有研究表明,通過體外培養(yǎng)小鼠胚胎干細胞,神經(jīng)細胞可以分步被誘導產(chǎn)生,并很好的模擬體內神經(jīng)分化的過程。在該研究中,科研人員通過開發(fā)一種計算工具包(iCpSc)用于整合單細胞和群體細胞轉錄組數(shù)據(jù),來預測細胞分化過程中單細胞的分化時間和路徑,通過在模擬數(shù)據(jù)集和文獻數(shù)據(jù)集中測試表明iCpSc的優(yōu)勢。為進一步檢驗這一方法的有效性,研究人員采用研究小鼠神經(jīng)分化的體外誘導模型,在非常密集的時間點中選取8個具有代表性的時間點,產(chǎn)生單細胞轉錄組和相應的群體細胞轉錄組數(shù)據(jù),利用iCpSc預測每個單細胞的分化時間和路徑。之后,運用相關分析得到分化相關基因(“timer” genes),并發(fā)現(xiàn)ATCC細胞周期調控因子富集在其中。通過構建基因調控網(wǎng)絡找到協(xié)調細胞周期和神經(jīng)細胞分化的關鍵調控基因。Z后,通過對Fyn進行CRISPR/Cas9基因敲除實驗和小分子抑制劑實驗,驗證Fyn和M期在控制神經(jīng)細胞分化時間中的作用。
Bismuth Subcarbonate (AS)    5892/10/4    1g    堿式碳酸鉍標準品
Boric Acid (AS)    10043-35-3    1g    硼酸標準品
Boswellia Serrata Extract        1g    乳香提取物標準品
Calcium Acetate (AS)    62-54-4    1g    醋酸鈣標準品
Calcium Carbonate (AS)    471-34-1    1g    碳酸鈣標準品
Calcium Chloride (AS)    10035-04-8    1g    氯化鈣標準品
Calcium Hydroxide (AS)    1305-62-0    1g    氫氧化鈣標準品
Calcium Lactate    63690-56-2    1g    乳酸鈣標準品
Calcium Levulinate (AS)    5743-49-7    1g    乙酰丙酸鈣標準品
Camphor    464-49-3    1g    樟腦標準品
Carisoprodol    78-44-4    1g    卡立普多標準品
ATCC細胞

 

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