臭氧發生器應用于水處理工程等場合時，有很多因素可能影響發生器的效率及其可靠性，因此在設計臭氧發生器應用系統時必須注意下列問題：
⑴發生器原料氣體不得含烴類、腐蝕性氣體和任何其他能在氧/臭氧/電暈環境內發生反應，從而對設備安全造成危害或損壞的物質。
，爆炸的三要素是燃料、氧化劑和火種，而臭氧發生器的電暈環境中已存在兩項，即氧化劑和火種。因此必須防止在原料氣體中含有烴類燃料物質；如果有可能存在烴類物質，必須安裝烴類分析儀，以便當烴類濃度接近爆炸下限（LEl）的25%時切斷電源。
碳氟化合物，如特氟隆或冷卻劑都可在電暈中分解形成氟，后者能侵蝕玻璃介電材料，可加速介電體損壞。圍繞在電暈室外面的循環冷卻流體有可能通過密封泄漏并進入電暈空間，結果在介電體表面形成一層漆類，涂層。當發生這種情況時，由于這種涂層降低臭氧生產的效率，介電體必須定期予以清洗。
另外，原料氣還應濾除5μm左右的顆粒，以防止小的干燥劑粉末或其他微粒進入發生器電暈區。以免影響電暈效率。
⑵供氣壓力不能無控制地改變，由于氣壓影響電暈功率誘導和跨越介電體所加電壓，大范圍壓力變化會使發生器運行不可靠。超出電暈功率范圍可造成熔斷器或自動斷電器斷開。超出外加電壓峰值還能造成介電體過早失效。
⑶臭氧發生器系統設計時，必須能防止大量水進入到發生器內。
水封供氣壓縮機用的浮閥或空氣干燥器上的凝結水閥阻塞卡住，都會造成發生器電暈室內灌水。電暈室內大量進水可導致電暈集中、高電流密度和局部電介體發熱，造成介電體過早失效。即使檢測裝置在水進入電暈室之前切斷電暈電源，水中所含雜質也會沉積在元件表面上，這些雜質必須在繼續運行之前予以清除。運行故障或操作錯誤都能迫使處理出水從臭氧接觸池到流至發生器內，至少會造成電暈元件污染或者介電體損壞。此外，系統設計和操作規程必須阻止易燃的腐蝕性氣體及從臭氧接觸池回流的水蒸氣進入發生器內。
⑷冷卻水的水質要好，防止結垢，以免影響發生器的散熱效果。
二對水冷發生器采說，為使傳熱表面的結垢zui少，冷卻水的水質十分重要。結垢會使傳熱效率降低，從而減少臭氧產量，增加維護費用。在技術上自來水是被優先選擇的冷卻劑，不過，對大型工業用發生器所需要的耗水量來說，使用自來水經濟上毫無吸引力，也許只有發生系統用在水處理廠的情況除外。與自來水水質相反，一般處理后的污水作為冷卻水，效果不是很好，因為它容易導致結垢。如果高質量的水或其他流體用在密封的十次冷卻回路中，末級熱交換器又是專門設計得zui少結垢；且便于清洗，而且污水出水還可以作為末級散熱使用。為了水費和設備維護費之間的平衡，系統設計時多數采用冷卻塔水或熱交換器飲用水（無懸浮固體、氯化物<5mg/L）。
⑸對于氣冷卻發生器來說，冷卻空氣必須無潮氣、雜質、腐蝕性、氣溶膠、油質或導電物質以及可見粉塵。正常情況下，除非處在一個極度多塵的工業大氣環境內，空氣多半是不需要過濾處理的。
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