在使用氣相色譜儀時會遇到很多不同的故障，較常見的是氣相色譜儀沒有峰值或者峰值很小，很多人對此束手無策，下面我們來仔細說說處理這一故障的具體方法。
首先，我們判斷氣相色譜儀檢測器是否關閉或火是否未點亮。我們可以重新點燃以檢查這是否是原因。可能是柱子中沒有氣流，我們可以檢查是否還有氣流。氣相色譜儀檢測器噴嘴可能堵塞，我們可以清潔噴嘴。可能是進水口泄漏，我們可以更換氣相色譜儀橡膠墊進行檢查。可能是記錄器出現故障，我們需要對記錄器進行大修。氣相色譜儀色譜柱與進樣口或檢測器之間的連接可能不正確。我們重新擰緊連接器，看看是否是原因。可能是氣化室的溫度太低而樣品不能蒸發。我們可以提高氣化溫度，看看氣相色譜儀基線是否正常。
而且氣相色譜儀對溫度環境的要求并不特殊。通常，在5至35℃的室溫條件下可滿足操作要求，并且濕度環境通常需要為20％至85％。在高濕度區域，當使用某些類型的氣相色譜儀時，由于高環境濕度，氣相色譜儀的絕緣性能會降低，如果操作靈敏度高，響應值會降低。使用氣相色譜儀時，工作人員在遇到上述現象時應采取必要措施。