建立固相萃取方法分為三個步驟：
（a）匯集相關信息；
（b）建立初步的固相萃取方法；
（c）對方法中的參數進行優化；
海能全自動固相萃取儀AutoSPE控制軟件是一個用戶界面友好、圖示化的中文操作軟件，從系統的配置、方法的建立到建立特殊指令都充分考慮用戶的需求。軟件內設的固相萃取指令包括活化、上樣、淋洗、干燥、洗脫，以及實驗室常用的液體處理指令，從而使方法的建立和優化更加便捷。
六、固相萃取中常見的問題：
（1）流速問題：真空、壓力、重力等因素都會影響液體通過SPE柱的流速。穩定的流速對于萃取效率十分重要，特別是樣品過柱及洗脫步驟。流速過快會降低目標化合物的回收率，尤其是以離子交換為機理的固相萃取。流速過慢會延長分析時間，降低工作效率。
HanonAUTOSPE采用6個高精密度陶瓷計量泵，正壓上樣，保證以穩定的流速按照的加樣量準確送液，確保分析結果的高精度和重復性。
（2）回收率問題：一般而言，當萃取回收率結果不理想時，應該細致的、系統的進行逐項排除，找出原因，然后對萃取方法進行改進。建立一個穩定可靠的SPE方法。在SPE中，流速可以直接影響*終的結果，因此，控制流速至關重要。
（3）污染問題：SPE柱產生的污染在很大程度上取決于目標化合物的濃度以及所使用的檢測手段。具有質量控制的廠商通常都可以將污染物控制在PPb數量級的范圍，低于此數量級的污染物可能存在。如果這些污染物會干擾目標化合物的檢測，就應該對SPE柱進行預清洗。