本文所討論的高效液相色譜儀，在結構上具有一定的復雜性，其在色譜儀運行和應用的過程中發揮著不同類型的作用。下面針對其儀器主要結構進行簡要分析。
1.1儲液器
儲液器顧名思義，主要承擔的是對待檢測液體在檢測時所使用的溶劑的儲存。在檢測器的運行過程中，常用以下幾種溶劑進行檢測應用，如檢測食品中三氯蔗糖含量時使用的乙腈和水、檢測防腐劑時使用的甲醇與乙酸銨等。這里要強調的是，若溶劑類型為有機類溶劑，則會對其純度提出很高的要求。在應用前必須提前做好過濾和提純工作。因為一旦溶劑內混有雜質或顆粒物，則會對檢測儀器本身的運行造成阻礙，嚴重時還會損壞儀器。
1.2流動泵
流動泵是實現液體檢測流程的關鍵，通過流動泵的推動作用，儲液器中的溶劑液體才能夠被推送至分離檢測系統，并在送入系統后以正常的流動速度和狀態在系統內運轉，對于高效的液相色譜儀來講，其運行中允許產生的流量波動比率一般不得高于3%。另外，不正常的運行狀態通常包括壓力高于標準水平和低于標準水平兩種類型。過高的壓力一般是由于色譜柱的污染導致，而壓力過低主要由泄漏問題造成。
1.3進樣器和色譜柱
進樣器是樣品經過檢測前停留的主要場所，從其結構性質上分類，可分為手動和自動兩種進樣器類型。其應用過程中比較典型的問題是樣品液體因使用后處理不當而發生交叉污染。目前自動進樣器在液相色譜儀中已普遍配備應用，其進樣量控制更加準確，靈活執行進樣程序，大大提高了檢測效率。同時，自動進樣器配備的洗針功能有利于減低樣品的殘留，進一步減小樣品的交叉污染。