經過生化處理后的廢紙造紙廢水，大部分有機污染物都得到了去除，但仍有少量醛類、酯類、苯及烷烴未被降解，呈生物難降解性。對于這些物質可利用吸附、化學氧化和膜過濾等物理化學方法去除。

　　1吸附法：造紙廢水處理中常用的吸附劑有活性炭和粉煤灰等。AliceAntony等發現顆粒活性炭(GAC)可有效去除生化出水中的生物難降解有機物，且廢水中污染物的分子量及芳香族化合物含量是影響GAC處理效果的關鍵因素。

　2化學氧化：Fenton試劑和臭氧是常用的氧化劑。MarcoSLucas采用中試規模Fenton試劑處理生化出水，結果表明COD去除率超過90%。Korhonen采用臭氧氧化深度處理造紙廢水，COD的去除率達到了65%。

以催化臭氧氧化過程作為三級處理工藝處理三個不同造紙廠的生化處理出水，研究結果表明催化臭氧氧化可獲得36~76%的COD去除率，廢水的水質特性對臭氧的消耗量有較大的影響。Torrades利用多相光催化和臭氧氧化處理造紙廢水，TOC、COD、AOX和色度的去除率理想。濕式氧化也是去除難降解有機物的有效方法，但是濕式氧化需要高溫高壓的反應條件，并且反應時間較長。

膜過濾：膜處理技術應用于廢紙造紙廢水處理的工藝，以微濾和超濾技術為主。

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