當需要對潔凈臺的任何被污染的部分進行日常維護、更換過濾器，以及性能測試等工作時，必須進行消毒處理。認證試驗和氣體消毒進行前，所有內部工作面和暴露的外表面都應用適當的消毒劑進行消毒。此外進行認證試驗前，用生物安全級別2級的藥劑，以氣態形式對整個潔凈臺消毒合乎要求。當潔凈臺已使用過，推薦用生物安全級別3級的試劑消毒。有被生物因子污染潛在危險的潔凈臺移動位置時應先消毒。

    另外，實驗用試劑溢出和濺出后，被污染的表面應進行適當的消毒。大部分需要氣體消毒的情況下，后面所述的程序使用解聚的多聚甲醛作消毒劑。用其他替代方法消毒前，必須給出每一型號和尺寸的潔凈臺的周期參數和這些參數的有效性；材料的相容性關系到備選去污劑的退化和被吸收情況，是維護潔凈臺完整性和消毒所需時間的美鍵因素。某些情況需要這些替代方法，例如：減緩疾病病毒。消毒方法山使用者和認證機構磋商確定。當用多聚甲醛進行氣體消毒時，指出規定的面積、選擇的防毒面罩、保護設施、相應的測試、醫學監視、危害傳達和訓練、記錄保管等并按下列步驟進行：