石英純水蒸餾水器出廠時已安裝好，不必另行安裝，但操作室必須有水、有電、室內污染小。新出廠的蒸餾器，只需引入蒸餾水活去離子水后直接使用。初次二天蒸餾的水只能作為清洗管壁和洗滌石英瓶、聚乙烯桶，因容器的沾污不可忽視。

石英純水蒸餾水器如何正確安裝呢？可以用∮6*9的聚乙烯軟管（硅膠管、橡膠管、醫用輸管均可）。長度視操作臺至水源距離而定。上方二嘴為冷凝水進出水口（進水口和出水口沒有分別）。一根由自來水閥連接冷凝水嘴，一根由出水嘴連到自來水池排放。

然后，再取一根由被蒸餾水儲備瓶底部放水閥連接蒸餾器下方進水嘴（儲備瓶應于蒸餾器，利用位差使水流入蒸餾器內）。被蒸水應該是普通蒸餾水，離子交換水或其它滲析水為好。

上面的工作都完成后，打開自來水流入冷凝水，如冷凝管內有氣泡，只要將出水口抬，即可排掉氣泡，然后再打開蒸餾水閥，當水從蒸餾器右下方溢水口流出即關閉。如能在蒸餾水放水閥接上鹽水滴管，由放水閥控制流量與出水量一致，即可保持蒸餾器內被蒸水水位平衡，這樣可以連續工作，不必看管。

石英純水蒸餾水器的石英接收瓶套入蒸餾器下方，中間接受口內。接受瓶適當墊以防灰塵進入瓶內，也可由接受口內小管處接上∮6*9軟管，下方通入聚四氟乙烯或聚乙烯塑料桶內。

石英純水蒸餾水器每次工作結束或長期不用，應將冷凝水、被蒸餾水排掉，冷凝水由自來水拔下，抬一方即可排出。這樣以防日久積下水垢。

石英純水蒸餾水器長期使用結垢，可用50%HNO3由被蒸水灌進侵至結垢處，浸泡2~4小時后由原進水處將皮管降低即可排掉。再以蒸餾水或去離子水灌進沖洗3~5次即可重新使用。