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初級(jí)會(huì)員 | 第10年

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細(xì)胞株測序的技術(shù)要求

時(shí)間:2017-12-25閱讀:103
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細(xì)胞株進(jìn)行單個(gè)分離、研究、和比較有助于細(xì)胞異質(zhì)性和基因組不穩(wěn)定研究。Z常見的單細(xì)胞測序應(yīng)用是在腫瘤研究領(lǐng)域。哈佛大學(xué)終身教授、美國科學(xué)院院士謝曉亮教授是單細(xì)胞測序其中一種技術(shù)路線的人。

2015年謝教授課題組在單細(xì)胞全基因測序研究領(lǐng)域曾取得重要進(jìn)展,利用“eWGA”擴(kuò)增方法,大幅提高了擴(kuò)增的均勻性和準(zhǔn)確性,可同時(shí)檢測出單細(xì)胞中的小片段拷貝數(shù)變異和高精度的單核苷酸變異,該方法還具有基因組的高覆蓋率,有效降低外源污染。  

這是一項(xiàng)經(jīng)過改良的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增(whole-genome amplification,WGA)方法,被稱為“通過轉(zhuǎn)座子插入的線性放大(Linear Amplification via Transposon Insertion,LIANTI)”。利用Tn5轉(zhuǎn)座子(含T7啟動(dòng)子)隨機(jī)將DNA切碎,使得DNA樣本得以線性放大。

WGA是單細(xì)胞測序技術(shù)的關(guān)鍵。目前的WGA技術(shù)方法仍存在一些局限性,比如準(zhǔn)確度、基因拷貝數(shù)空間分辨率、保真度都有待提高。

為了應(yīng)對這些問題,不僅需要從技術(shù)改進(jìn)下手,謝教授課題組還提出了“構(gòu)建無偏見細(xì)胞基因組文庫(making an unbiased library)”的概念
研究還發(fā)現(xiàn),細(xì)胞株基因組中所觀察到的主要的胞嘧啶到胸腺嘧啶(C-T)的突變,通常起因于人工進(jìn)行的細(xì)胞裂解操作,這一操作導(dǎo)致了胞嘧啶的脫氨基作用。至于如何改善這種不可避免的誤差。研究人員提出可以通過與同類細(xì)胞的序列進(jìn)行比較得以修正。本篇報(bào)道已鑒定出單個(gè)人類細(xì)胞的SNVs頻譜,揭示了SNVs在全基因組內(nèi)的非隨機(jī)分布。
250克    MHB    用于抗菌素藥物敏感性試驗(yàn)    MH肉湯
250    Martin Broth ,Modified    用于菌苗及生物制品霉菌無菌檢驗(yàn)    改良馬丁液體培養(yǎng)基   
250    BCYE Agar(Legionella Agar)    用于軍團(tuán)菌的選擇性分離培養(yǎng)(OXOID方法)    BCYE 瓊脂(Legionella 瓊脂)
0.5ml*20    Rabbit  Plasma    用于金黃色葡萄球菌凝固酶試驗(yàn)    兔血漿  
250    Sodium lurite Broth Base    用于金黃色葡萄球菌的增菌培養(yǎng)。每100ml培養(yǎng)基需另加入1%亞碲酸鈉1ml    亞碲酸鈉肉湯培養(yǎng)基基礎(chǔ)   
250    Beisachang Sodium lurite Broth Base    用于金黃色葡萄球菌的增菌培養(yǎng)。每100ml培養(yǎng)基需另加入1%亞碲酸鈉0.2ml    北沙參亞碲酸鈉胨水培養(yǎng)基基礎(chǔ)
250    Broth Medium    用于金黃色葡萄球菌的增菌培養(yǎng)(SN標(biāo)準(zhǔn))    普通肉湯培養(yǎng)基     
細(xì)胞株

 

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