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以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經(jīng)典方法，是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。
其原理是：當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質X的抗體免疫沉淀X，那么與X在體內結合的蛋白質Y也能沉淀下來。目前多用精制的prorein A預先結合固化在argarose的beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應后，beads上的prorein A就能吸附抗原達到精制的目的。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合；也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。
一、免疫共沉淀的優(yōu)點：
1. 相互作用的蛋白質都是經(jīng)翻譯后修飾的，處于天然狀態(tài)。
2. 蛋白的相互作用是在自然狀態(tài)下進行的，可以避免人為的影響。
3. 可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復合物。
二、免疫共沉淀的缺點：
1. 可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質－蛋白質相互作用；
2. 兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；
3. 必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。
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