PCR擴增儀的種類總體來說，可以分成兩大類，即普通PCR擴增儀和實時熒光定量PCR擴增儀。

一、普通PCR擴增儀

1）.普通PCR擴增儀即通常所謂的定性PCR擴增儀。
2）.梯度PCR儀是由普通PCR儀衍生出的帶梯度PCR功能的基因擴增儀。
3）.原位PCR儀是由普通PCR儀衍生出的帶原位擴增功能的基因擴增儀。
 二、實時熒光定量PCR擴增儀
1）.金屬板式實時定量PCR儀，還可作為普通PCR儀使用，有的甚至帶梯度功能，可容納的樣本量大，無需特殊耗材，但溫度均一性欠佳，有邊緣效應，標準曲線的反應條件難以做到與樣品全一致。
2）.離心式實時定量PCR儀的PCR擴增樣品槽被設計為離心轉子，溫度均一性好，但可容納樣品量少，有的需用特殊毛細管作樣品管，增加了使用成本，也不帶梯度功能。
3）.各孔獨立控溫的定量PCR儀的不同樣品槽分別擁有獨立的智能升降溫模塊，各孔獨立控溫，適合多指標快速檢測，可實現任意梯度反應，但上樣不如傳統方法方便，而且需要獨te的扁平反應管，使用成本較高。