想要以高成功率獲取特異性好、有效性高的抗體，第一步抗原設計至關重要。

目前，用于免疫抗體的抗原一般有多肽抗原和重組抗原。兩種抗原各有優劣，多肽抗原理論上來說可以產生高特異性、針對特定抗原表位的抗體；缺點是免疫原性較低，需要和載體偶聯以增強免疫原性，這增加了抗原制備成本，另外還會產生大量針對載體的非特異性抗體，增加了后續純化和篩選成本。重組抗原免疫原性強，包含抗原表位多，用于制備抗體，相對成功率較高；但也有缺點，重組抗原一般采用大腸桿菌表達系統，原核表達系統的蛋白質折疊方式與真核生物的有所差異，另外有時并不能獲取可溶性的抗原，進一步導致所獲抗原與目的蛋白抗原的抗原表位并不*一致，從而產生出一些非特異性的抗體，而這些非特異抗體在后期的純化過程中是很難被排除掉的。

設計抗原時，多肽抗原一般選擇12~30個左右的氨基酸，重組抗原一般為長度在100個氨基酸以上的部分或者全長蛋白。無論選擇設計哪一種抗原，我們都要遵循以下幾個基本原則：

1.確定所需抗體的用途

明確所需抗體的用途對抗原設計有很大的影響。例如：如果需要利用得到的抗體來研究目的蛋白的特定區域，如C端或N端，那么抗原序列的選擇就應集中在這一區域；如果想要用抗體來研究一種特定狀態下的蛋白，如磷酸化等，抗原設計的選擇性更小了，只有選擇該點位附近的合適氨基酸序列來設計多肽抗原。

2.抗原序列區域的選擇原則

一般說來最佳的抗原表位識別區域應具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點。因為在大多數的天然（自然）環境中，親水區域傾向于集中在蛋白表面，而疏水區域常常被包裹在蛋白內部。那么，我們在設計的抗原的時候，如果選擇這些具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點的區域的話，則有利于抗原產生與目的蛋白相同的抗原表位，從而出高親和力，高特異性的抗體。

3.連續的與不連續的識別區域

大多數抗體是針對連續識別區域的，抗體能與這類區域以很高的親和力相結合表明這段序列不在蛋白內部。不連續的識別區域是代表有一定折疊的一段多肽序列，或是將兩段分離開的多肽連在一起的抗體的識別區域。在某些情況下，針對這樣不連續識別區域的抗體也能產生，只是用來免疫的抗原多肽必須具備與該不連續識別區域相似的二級結構，而序列的長度需要符合相關的要求。

4.避免識別區域隱藏在蛋白內部

為了避免識別區域隱藏在蛋白內部的風險，通常選擇蛋白的N，C兩端來產生的相應的抗體。因為在完整的蛋白中，N、C兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不適合作為抗原。