進樣閥在進樣過程中，必須是非常清潔的，否則得不到較好的結果。進樣閥切換到進樣位置（Inject）后，要在此位置保持一段時間，使流動相充分沖洗樣品定量管，這樣可以保證有較高的度，而且不用另外再沖洗樣品定量管。這種由色譜儀器控制的沖洗顯然要比手動沖洗更好些。注意：沖洗需要的流動相體積至少為所進樣品體積的10倍。例如，如果取20μL樣品至100μL樣品定量管中，而流動相此時的流速為1mL/min，則需要在進樣位置至少保持12s，即：20μL×10/1000μL•min-1=0.2min=12s。
當樣品定量管經過充分的沖洗后，可以將旋柄轉回取樣位置（Load），也可以繼續保持在進樣位置，到下次取樣前才切換回取樣位置。在切換回取樣位置時，將樣品進樣針或微量樣品進樣針從進樣閥中拔出。
為防止交叉污染，正常情況下不必每次進樣后都沖洗進樣閥注射針導入口。進樣閥內根據設計的直接連接進樣孔，可以使注射針頭的前端直接連接到樣品定量管的末端，沒有其他空間供樣品殘留。這樣在下一次進樣時，就不會有上一次殘留的樣品進入樣品定量管。
但是在進樣針頭插入或拔出過程中，會有痕量的樣品沉積在針頭密封區域。精密的測定顯示這種殘留有1nL ~ 10nL。這表明進20μL樣品，會殘留0.005% ~ 0.05%。每次進樣后沖洗注射針導入口可以將此殘留沖洗干凈。沖洗注射針導入口的過程為：設定流動相的流速為0.1mL/min ~ 1mL/min，將注射針導入口沖洗頭（Rheodyne部件號7125-054）連接到一只體積相對較大的注射器上，用大量的流動相只在進樣位置清洗注射針導入口。這樣進入進樣閥中的液體繞過樣品定量管由樣品溢出管5#口排出。這一過程可以將注射針導入口、引導管、注射針導入管和注射針密封圈*清洗。而采用注射器*插入式的沖洗方式，則不能全部清洗上述部分的表面。在取樣位置將注射針插入注射針導入口時，針頭推動注射針密封圈內少量樣品液體（上一次沖洗注射針導入管留下的）進入樣品定量管。當該樣品液體與所用的流動相組成不同，且同時采用部分充滿定量管進樣方式時，在高靈敏度的檢測器上可能出現怪峰。所以沖洗注射針時用流動相沖洗。
如果已發現有嚴重的交叉污染現象，請檢查是否有下列原因造成：
1.使用的注射針頭長度不夠（針頭的長度至少要5cm），注射針末端不能到達定子表面。
2.注射針沒有充分插入注射針導入口。
3.注射針導入口內的污染物或針頭密封磨損下來的削片，使注射針頭末端不能接觸定子表面。
如果不考慮交叉污染，每進樣10次或20次沖洗一下注射針導入口，這樣可以保證注射針導入管內充滿流體。在注射針插入或拔出的過程中，清洗注射針頭或稀釋污染這一區域的樣品的同時也使注射針導入口和樣品溢出5# 口充滿流體，從而防止空氣進入樣品管。
