氣相色譜儀在操作過程中，檢測器有時會被流失的固定相及樣品中的高沸點成分、易分解或有腐蝕性的物質玷污。此時應對檢測器進行清洗。清洗時可分三種情況，
一種是玷污物質于高沸點成分，通常可將檢測器加熱到zui高使用溫度后，再通入載氣，即可清除。
第二種情況是檢測器僅存在程度較輕的玷污，此時可用蒸汽清洗的方法。過程是在進樣口注入幾十微升蒸餾水或丙酮等溶劑，待1~2小時后，檢查基線是否平穩即可。
第三種情況是在上述兩種簡單方法不能解決問題時所采用的*清洗方法，此方法要求拆裝檢測器，同時還要選擇適宜的溶劑，即所選擇的溶劑，既要能溶解玷污物，又不對檢測器造成新的污染和損壞。
此時清洗過后的部件不要直接用手摸。1、熱導檢測器（TCD）的清洗將丙酮、、十氫萘等溶劑裝滿檢測器的測量池，浸泡一段時間（約20分鐘）后傾出，反復進行多次至所傾出的溶液比較干凈為止。當選用一種溶劑不能洗凈時，可根據玷污物的性質先選用高沸點溶劑進行浸泡清洗，然后再用低沸點溶劑反復清洗。洗凈后，加熱趕去溶劑，將檢測器裝回到儀器上，再加熱通載氣沖洗數小時后，即可使用。
2、氫火焰離子化檢測器（FID）的清洗
當沾污比較嚴重時，須拆下檢測器清洗。方法是先拆下收集極、極化極、噴嘴等，若噴嘴是石英材料制成的，先將其放在水中進行浸泡過夜；若噴嘴是不銹鋼等材料做成，則可與電極等一起，先小心用300號～400號細砂紙打磨，用專用的清洗細金屬絲叢噴嘴頂部穿入，插入拉出數次，直到金屬絲可以光滑移動。然后用適當溶劑(如1：1甲醇與苯)進行浸泡。也可用清洗，后用色譜級甲醇洗凈，放置于烘箱中烘干。
氣相色譜儀注意：不能用氯方、二氯甲烷一類的含鹵素的溶劑，以免與聚四氟乙烯材料作用，導致噪聲增加。
