成功的初級庫篩選將會得到一個或更多的能與受體特異性結合的肽段。這些分離得到的肽段的親和性一般為比較低的微摩爾級別，從而不能在基于細胞的實驗下檢測到信號。為了提高這些初始篩選到的肽段的親和性，可以通過低價展示系統構建含有大量變異體的突變庫。然后通過一系列的能獲取高親和力肽的方法來篩選這些庫。

序列的突變可以通過很多的寡核苷酸合成策略達到。其中一種很典型的策略是使用70％的原始堿基和分別為10％的其余堿基的亞磷酰胺混合物合成密碼子前兩位，然后用等物質的量的G和T合成第三位。這種70；10：10：10的策略能夠使序列靶點產生約50％的突變。突變率可以通過增加或減少原始和變異堿基的比例來調節。選擇恰當的簡并密碼子模式也可以合成一系列的氨基酸。例如，需要檢查某個位置半*是否必要，就可以合成編碼為TST的序列，其中S代表等物質的量的G和C的混合物。這個簡并密碼子將會編碼50：50比例混合的*和半*。一個序列中可以固定一些保守的氨基酸，而改變其兩側的氨基酸殘基。額外的隨機氨基酸殘基也可以通過加入NNK密碼子的方式加到肽段兩端。以上這些策略在構建次級庫的時候通常是聯合使用的，以使其不同肽的數量與初級庫隨機肽的數量盡可能相同。

次級庫篩選的難點在于從大量的變異體中篩選出與受體結合的親和性有提高的克隆。使用低價展示系統可以降低篩選得到與固化受體有多價結合作用的噬菌體的可能性。我們實驗室使用與pⅧ噬菌粒庫相似的pⅢ噬菌粒庫來實現這個目的。下文中所描述的冠狀二聚體系統在發現高親和力肽段中被證明更為有效。

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