廢水可分為兩類：①原料麥的清洗，麥芽培養及舊瓶洗刷廢水；②釀造過程排出的廢水。廢水是主要廢水來源，每利用1噸大麥約排出0.86m3廢水，水中含有洗麥劑，pH10-13，呈強堿性。第二種廢水是在麥芽等的壓榨和分離過程排出的清洗廢水，水中BOD達130000mg/L，pH3-4，呈酸性。
這兩種廢水分流分隔處理。合并處理時常采用厭氧及活性污泥法生化處理，UASB（升流式厭氧污泥床反應器）是常用的處理設備。
啤酒廠污水處理工藝（1）活性污泥法：中、低濃度有機污水處理中使用多、運行可靠的方法，具有投資省、處理效果好等優點。該處理工藝的主要部分是曝氣池和沉淀池。污水進入曝氣池后，與活性污泥（含大量的好氧微生物）混合，在人工充氧的條件下，活性污泥吸附并氧化分解污水中的有機物，而污泥和水的分離則由沉淀池來完成。我國的珠江啤酒廠、煙臺啤酒廠、上海益民啤酒廠、武漢西湖啤酒廠、廣州啤酒廠和長春啤酒廠等廠家均采用此法處理啤酒污水。據報道，進水CODcr為1200～1500mg/l時，出水CODcr可降至50～100mg/l，去除率為92%～96%。活性污泥法處理啤酒污水的缺點是動力消耗大，處理中常出現污泥膨脹。污泥膨脹的原因是啤酒污水中碳水化合物含量過高，而N，P，Fe等營養物質缺乏，各營養成分比例失調，導致微生物不能正常生長而死亡。解決的辦法是投加含N，P的化學藥劑，但這將使處理成本提高。而較為經濟的方法是把生活污水（其中N，P濃度較大）和啤酒污水混合。
啤酒廠污水處理工藝（2）深井曝氣法：為了提高曝氣過程中氧的利用率，節省能耗，加拿大安大略省的巴利啤酒廠、我國的上海啤酒廠和北京五星啤酒廠均采用深井曝氣法(超深水曝氣)處理啤酒污水。深井曝氣實際上是以地下深井作為曝氣池的活性污泥法，曝氣池由下降管以及上升管組成。將污水和污泥引入下降管，在井內循環，空氣注入下降管或同時注入兩管中，混合液則由上升管排至固液分離裝置，即污水循環是靠上升管和下降管的靜水壓力差進行的。
啤酒廠污水處理工藝（3）生物膜法：與活性污泥法不同，生物膜法是在處理池內加入軟性填料，利用固著生長于填料表面的微生物對污水進行處理，不會出現污泥膨脹的問題。生物接觸氧化池和生物轉盤是這類方法的代表，在啤酒污水治理中均被采用，主要是降低啤酒廢水中的BOD5。
啤酒廠污水處理工藝（4）生物接觸氧化法：是在微生物固著生長的同時，加以人工曝氣。這種方法可以得到很高的生物固體濃度和較高的有機負荷，因此處理效率高，占地面積也小于活性污泥法。國內的淄博啤酒廠、青島啤酒廠、渤海啤酒廠和徐州釀酒總廠等廠家的污水治理中采用了這種技術。青島啤酒廠在二段生物接觸氧化之后輔以混凝氣浮處理，啤酒污水中CODcr和BOD5的去除率分別在80%和90%以上。在此基礎上，山東省環科所改常壓曝氣為加壓曝氣（P=0.25～0.30MPa），目的在于強化氧的傳質，有效提高污水中的溶解氧濃度，以滿足中、高濃度污水中微生物和有機物氧化分解的需要。結果表明，當容積負荷≤13.33kg.m-3.d-1COD,停留時間為3～4h時，COD和BOD平均去除率分別達到93.52%和99.03%。由于停留時間縮短為原來的1/3～1/4，運轉費用也較低。
其優點是：占地面積少，效能高，對氧的利用率大，無惡臭產生等。據測定，當進水BOD5濃度為2400mg/l時，出水濃度可降為50mg/l，去除率高達97.92%。當然，深井曝氣也有不足之處，如施工難度大，造價高，防滲漏技術不過關等。
