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瞬時轉染：外源片段的表達時間短暫。這主要是因為外源導入的裸露的載體整合入基因組的幾率非常低，所以以染色體外(episomal)形式存在，不能隨細胞分裂而一同復制導致最后拷貝數被稀釋導致的。而且考慮到細胞分裂會稀釋質粒的量，所以起初轉染的質粒拷貝數高。這就導致瞬時轉染呈現一個高拷貝到低拷貝迅速降低的過程，且無法在這個系統上實現可誘導表達。
穩定轉染：是相對瞬時轉染而言，進入細胞的質粒整合入細胞基因組中，并能隨細胞分裂穩定傳遞下去。在這個系統中，質粒表達穩定，拷貝數低，且能實現誘導表達。穩定轉染并不是一種與瞬時轉染不同的方法，只是對瞬時轉染的細胞進行篩選，得到穩定整合的細胞株。穩定整合的幾率因基因傳遞的方法而異，跨度可以從10-8到10-1。因此，對于有的轉染方法，比如化學試劑介導的轉染，其整合幾乎可以忽略不計。質粒載體整合的位點并不是全隨機分布，依據不同的基因傳遞方法，呈現不同的靶向傾向性，所以是一種半隨機整合。
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