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野外型高通量植物表型平臺——Field Scanalyzer

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  • 所在地上海
  • 更新時間2023-08-07
  • 廠商性質經銷商
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上海澤泉科技股份有限公司(Zealquest Scientific Technology Co., Ltd.)成立于2000年,是一家專注于科研設備研發、系統集成、技術推廣、咨詢、銷售和科研服務的科技型技術企業。公司注冊資金3500萬元人民幣,具有進出口貿易權。


公司總部位于上海浦西,在北京設有分公司,在廣州、成都、武漢分別設有代表處。公司全體員工均具有高等教育背景,其中80%的技術研發、技術支持和銷售人員具有碩士和博士學位,參加過很多國家和省部級重大科研項目,具有豐富的科研工作經驗。公司曾獲得上海市高新技術企業、上海市普陀區科技小巨人企業、上海市科技型企業中華全國工商聯合會/上海市工商聯合會/上海市商會會員單位,曾是上海市專業技術服務平臺——生理生態測量與分析平臺的依托單位和上海市高新技術成果轉化項目承擔單位。2012年公司通過了ISO9001質量管理體系認證,獲得三A信用資質等級認定,獲得普陀區科技小巨人企業認定,成為上海市研發公共服務平臺加盟單位和“上海市工商聯合會”/“上海市商會”會員單位 。2015年獲得“專精特新”中小企業認定。2016年成為“上海市生態學學會常務理事單位”和“上海種子行業協會”會員單位,2017年成為“上海市農業工程學會理事單位”。


上海澤泉科技股份有限公司非常注重自主知識產權的申報和保護,公司及子公司上海乾菲諾農業科技有限公司截止2024年底已獲得發明8項、實用新型54項及軟件著作9項,國內外科研期刊發表科研論文20多篇。公司還參與承擔了國家自然科學基金重點項目(41030529)和水利部948項目(200907)。


公司秉承推進中國生態環境改善、科技興國的理念,服務涉及機器人與人工智能應用,生命科學多組學研究,植物表型與植物生理生態、生物育種技術平臺建設;土壤、環境氣象、水文水利與海洋等領域的新技術資訊和產品解決方案,服務對象主要為各級科研單位、高校和政府機構。公司先后為科技部“973”項目和“863”項目、國家科技重大專項、國家科技支撐計劃、國家“211”工程和“985”工程、中科院知識創新工程、農業部“948”項目、水利部“948”項目等提供技術咨詢、儀器設備、系統解決方案和系統集成服務,為項目的順利完成提供了有力支持。


多年來,公司積極參與相關領域的學術會議,并定期舉辦相關儀器設備的技術講座和培訓班,在科研和監測領域產生了積極的反響,獲得了良好的口碑。截止2024年底,澤泉科技舉辦公開技術講座275多場,參會人員超過15000人次;同時在國內外應邀參加學術會議和展會296多次,與相關領域的客戶有非常密切的交流合作。


2014年2月,上海澤泉科技股份有限公司在上海浦東孫橋現代農業園區投資成立了上海乾菲諾農業科技有限公司,建設了AgriPhenoTM “高通量植物基因型-表型-育種服務平臺”,為植物科研和育種單位提供全面的樣品收集和栽培,實驗設計和項目合作,以及表型數據與生物信息學分析綜合服務。平臺成功主持了上海張江國家自主創新示范區專項發展資金重點項目“澤泉科技高通量植物基因型-表型-育種服務平臺”。作為主持單位或合作單位參與了上海市農委和科委的30多項政府科研服務項目以及商業服務項目,如科技興農種業發展項目“農作物分子育種的技術創新研究”和“青菜高通量表型圖譜標準的建立及主要性狀分析”、科技興農重點攻關項目“基于圖像分析及三維建模技術的黃瓜長勢快速評價方法研究”、 “蘭科觀賞花卉分子育種技術研究與產業化應用”等。為了緊追世界科技發展水平,開啟院企合作建立研究型平臺的創新嘗試,上海澤泉科技股份有限公司與上海市農業科學院,結合雙方各自的優勢,于2021年5月在上海農業科學院莊行試驗站聯合成立“上海市農業科學院莊行綜合試驗站澤泉科技植物表型技術研究平臺”,AgriPhenoTM平臺從上海浦東孫橋現代農業園區整體遷出,并入新建的植物表型技術研究平臺。目前平臺除擁有無人機表型平臺、溫室型和實驗室型高通量表型分析系統外,還擁有現代化溫室、生物學實驗室、植物生理生態測量設備、農業氣象測量系統和專業的數據庫平臺,已經具備了對植物、動物基因測序與植物表型研究的各類條件??梢猿袚咄緿NA提取、基因測序服務、分子輔助育種、植物生理生態研究等科研實驗任務。同時可以為植物功能基因組、農業育種家提供高通量植物基因型測試、高通量植物表型測試和植物基因型-表型生物信息學數據分析等開放式服務。


近年來,隨著“生物技術+人工智能+大數據、信息技術”為特征的第四次種業科技革命不斷孕育,國際大型種業公司規模不斷擴大,種業市場集中度持續提高。生物育種是種業創新的核心,構建現代生物育種創新體系,強化種質資源深度挖掘,突破前沿育種關鍵技術,培育戰略性新品種,實現種業科技自強自立,是解決種源要害、打贏種業翻身仗的關鍵,也是牢牢把握住糧食安全主動權的根本保障。在這個大背景下,2022年9月,北大荒墾豐種業、上海澤泉科技聯合成立北大荒墾豐種業-澤泉科技生物技術與表型服務中心(KA-BPSC),集中優勢資源、整合集體力量,為解決種業種源“卡脖子”技術難題,打贏種業翻身仗貢獻力量。


展望未來,上海澤泉科技股份有限公司希望在社會多方資源的支持和關懷下,不斷提升自己,為社會提供更多、更優秀的產品和服務!


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野外型高通量植物表型平臺——Field Scanalyzer
野外型高通量植物表型平臺——Field Scanalyzer 產品詳情

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1  自動化 FieldSystem 系統

Scanalyzer Field 是利用門式起重系統二設計和組建的3軸表型系統,X軸方向的運動是通過軌道系統進入地面,以允許自然排水和無障礙運行,如傳統的混凝土地基可以充當流動屏障,Y軸垂直于軌道,并且承擔攝像機設置的升降裝置,Z軸描述的是升降單元上下移動的方向。

X軸運動單元是由兩個變頻有源電源和兩個無源單元,將被綁定在支撐梁上,Y軸包括門式框架(鋁),并將保護Z軸的運動,Scanalyzer Field 系統的推進包括兩個電動逆變器供電引擎,驅動底部兩個齒輪傳輸,Y軸和Z軸同樣是由電動逆變器和齒條一起供應運轉。

這樣的設置可以使系統精密的在X、Y和Z軸上運動。

Scanalyzer Field 系統上的運行部件均來自其他手動或自動操作的系統,比如船舶和火車卸貨等,因此Scanalyzer Field 系統的零件具有更耐久性和靈活性。

 

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圖1: ScanalyzerField系統示意圖

 

1.1 系統參數

未標題-2.jpg

1.2  系統操作注意事項

開始的時候,接受過培訓的人員利用遠程操作進行系統的運行;

每個試驗地的開始和結束位置,本步驟在每一個試驗開始前進行,在播種前就要做好;

一旦實驗設置被保存,用戶需要使用控制軟件選取接下來的參數,參數包括時間、頻率、地點等;

保證所有的圖像之間都有重復,保證每一個植株都會被測量到;

熒光測量時,如果是在晚上,要充分考慮到熒光對周圍植株的影響,不能緊接著進行測量。

1.3  系統精確度

ScanalyzerField 系統的精度可以達到X軸<±50mm,Y軸<±5mm和Z軸<±5mm,除GPS定位外,每張照片都包含在ScanalyzerField系統三維空間的位置。

1.4  系統耐久性

因為所有的部件都采用工業標準,加載的重量遠遠低于設計時的承重能力,ScanalyzerField 系統可以持續使用5年以上的時間。

1.5  系統維護

盡管相機朝下且有保護附件,但是為了保證成像質量,常規的清潔仍是必要的,如果下大雨,有必要清潔一下相機的外殼,清除殘余的水和殘渣。

在植物的生長季,如果ScanalyzerField 系統每天都要工作,那么每年進行一次檢查和預防性維護是非常必要的。

維護包括檢查所有滑動部件的潤滑性,也要對成像傳感器進行檢測,在儀器運行的前三年,不會跟換新的部件。

1.6  系統安全方案

1.6.1  ScanalyzerField系統常見風險

自動模式:

系統自動運行時,人員不能站在ScanalyzerField系統軌道間的任何區域;

ScanalyzerField系統會按照編輯的程序沿軌道進行運動,任何站在系統上方或離軌道較近的人員,都會有與ScanalyzerField系統碰撞的危險,系統自動運動的速度可達60min/min;

自動運行模式下,圖像采集臂可以在2米以下高度移動;

熒光成像技術使用短LED脈沖(1-2s),亮度相當于太陽光的4-6倍;

高度掃描設備包括可見激光。

手動模式:

手動模式下,操作者就會在運行系統的周邊,并且成像時,操作者需要與系統直接接觸;

系統不運行的情況下,傳感器的蓋子被打開,所有的安全模塊開啟且顯示危險警告。

1.6.2  ScanalyzerField系統風險應對

技術性

導軌放在土層以上,減少人員站在導軌上的風險;

ScanalyzerField系統會產生聲音和燈光信號,提醒周圍的工作人員;

ScanalyzerField系統的導軌如果碰到物體,不論在手動狀態或自動狀態,緊急開關會將ScanalyzerField系統緊急停止,

安全保險不能使用,因此系統有大約1m左右的斷裂長度。

人工控制ScanalyzerField系統時,可以使用緊急暫停按鈕。

人工操作時,ScanalyzerField系統運行時的速度是有限制的。

當人工操作系統時,激光和熒光的光源是停用的。

當遇到惡劣環境時,自動運行模式不能維持,ScanalyzerField系統會進入安全位置。

1.6.3  系統組織培訓

ScanalyzerField系統的操作者會接受單獨培訓。

系統維護人員需要較好掌握技術教育,并且接受ScanalyzerField系統的培訓。

整個ScanalyzerField系統的外側都應安裝有2m高的柵欄,并且進入柵欄區域的應該是接受過培訓的人,入口處應該粘貼安全條例。

 

2  傳感器平臺

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圖 2: 傳感器平臺概念圖(最終版本可能有所不同)

 

每一種相機系統都單獨安裝在密封殼體內,并綁定在靈活可調的成像盒中,照相機箱的總有效載荷可以達到500公斤,允許靈活的增加傳感器。

主要特點:

天氣保護平臺,單獨保護傳感器;

卷簾門在平臺下面的對面,充分保護不在使用的傳感器;

夜間使用的鹵素燈同時具有加熱元件,可以防止傳感器溫度過低而表面水分凝結。

大?。?/strong>

3m 寬

1.5m 高

1.5m 深度

載重:

500kg

 

2.1 FLIR 紅外相機

相機與樣品距離、大氣溫度、相對濕度等環境參數對測量結果影響很大,因此定期的重校準很有必要。

結合前景/背景分離,可以提取出不同植物的精確溫度,溫度的高低將以假色圖像的形式表現出來,從而更容易觀察到顏色的變化,紅外傳感器所得到的數據可以以柱狀圖的形式表現出來,從而分析植物的溫度分布。

成像和光學參數

焦距                            

空間分辨率(IFOV)

鏡頭識別

焦距比數

熱敏度/NETD

像頻 (SC645) 

像頻 (SC 665) 

聚焦                                     


24.5 mm (0.96 in.)

0.69 mrad

自動

1.0

< 0.05°C ,+30°C下 (+86°F) / 50 mK

25 Hz

50 Hz (100/200 Hz 和開窗)

自動或手動 (內裝電動機)

.jpg

  

2.2 RGB 相機 

界面        

分辨率

傳感器

傳感器類型

傳感器尺寸

電池尺寸

透鏡支架

A/D

On-board FIFO

IEEE 802.3 1000baseT   

3296 x 2472 

Truesense KAI-08050  

CCD 漸進

4/3式

5.5 µm

F-Mount

14 bit

128 MB

221112211.jpg

  

2.3 高光譜傳感器

表1 : 文獻中發表的高光譜指數

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彩色條顯示的是某些指數所需要的光譜范圍,綠色和黃色條可以通過VNIR相機成像(380-1000nm),黃色和紅色條可以通過VNIR相機(550-1700nm),近紅外相機不包含900nm以下的范圍,對于SWIR相機,已知的參數主要在纖維素和木質素相關的參數。

為了彌補不斷變化的現場光線,補償性設備會提供適量的光源,附加光源為鹵素燈,并且范圍在500到2500納米。

 121212121.jpg

圖3: 附加光源的亮度


2.4 激光掃描器

從上部觀察的高度掃描儀是Frauenhofer IIS研究機構專門為Lemna Tec公司開發。

使用NIR激光掃描器可以避免影響植物的正常生理,使用非常高的分辨率和很小的時間間隔。

頂部視圖時,兩個單元將結合起來,詳見圖4.

兩個單元的交叉可以減少樹冠陰影面積的影響。

在側面掃描時,每個側視圖由四個單元組合成一個傳感器,光學元件和角度的選擇將根據臺架安裝的最終設計而改變。

每一個單元都包含傳感器頭和電腦,將傳感器信息結合到plc文件里。

.jpg

圖4: 激光掃描設備從上部掃描植物冠層


2.5  用于PSII研究的熒光相機

熒光相機是使用直接熒光值,目前有一篇文獻(Strasser, R. J., A. Srivastava, and M. Tsimilli-Michael. "The fluorescence transient as a tool to characterize and screen photosynthetic samples." Probing photosynthesis: mechanisms, regulation and adaptation (2000): 445-483.)解釋為什么Lemna Tec會選擇直接熒光測定,或被稱為PAM直接熒光法:

目前使用的有兩種熒光技術,直接熒光和調制熒光技術,每一種技術都有優勢和缺陷,隨著技術的發展,光電池和光電倍增管的低靈敏度要求高的激發光的強度,這樣使用直接熒光的方法是比較好的,但是有兩個缺點:(a)強大的激發光會引起一個快速的熒光上升;(b)快門開放的時間過長(大約1ms),Fo值無法測定。敏感的光電池,光電二極管和高性能放大器的發展,使得熒光信號的測量具有非常低的激發光的強度,低強度調制光束激發衡量熒光,初始和熒光都可以進行測量,并且精度很高,但是仍有兩個限制:(a)該時間分辨率由調制和解調頻率的限制;(b)一種低成本調制熒光計以10微秒的時間12位信號的分辨率不可以實現。如PEA熒光儀,它耗電少且成本低,高分辨率熒光上升允許人們觀察幾個步驟,F0,K,J,I,P,缺點是需要外界光源,目前,直接熒光法比調制熒光法有一些優勢,如每次測量的信息更多、低功耗、高采樣檢測率、重量輕、多種環境下采集數據和成本低。


表2: 儀器可以測量的熒光參數

未標題-3.jpg

注:DA:測量暗適應后的參數,在測量以前,ScanalyzerField系統會保留暗適應的時間,在測量下一個植株之前,為避免前個植株的影響,這樣的測量要在晚上進行。

LA:所有需要光適應的參數都是在白天進行,因為兩個不同相片的光密度有可能不同,因此標記LA的參數需要額外的處理,所有的數據才能夠進行比較,同樣,可以利用激發光的10%作為光化光,用戶可以在測量前15分鐘調整光適應。

DL:光-暗交替的參數只能是整個植株的平均值,這是因為植物的生長和葉片位置改變所造成兩次測量差異。


2.6  NDVI/PRI 傳感器

NDVI傳感器運行一次,便可以快速對田間進行評價,NDVI傳感器同時可以測量PRI,這種傳感器適用于研究者研究整個田間的參數,而不是單一的植株。

NDVI 波段:  630±5 和 800±5 nm 峰值波長, 50納米和40納米的全寬度半值(FWHM)頻帶寬度。

PRI 波段:     531±3 和570±3 nm 峰值波長, 10納米全寬度半值(FWHM)頻帶寬度。

前部光學:

半球形:余弦校正聚四氟乙烯擴散器,市場為半球形;

視場光闌:20°市場。

校準:NIST可溯源校準到已知的光譜福照度(W m-2 nm-1)或輻射率(W m-2 nm-1 sr-1 )

精度: 光譜輻照度和輻射值在10%或更高

測量時間:< 300 ms

外形尺寸: 43 x 40 x 27mm


2.7  主動反射傳感器


feature08.jpg

作物冠層傳感器Crop Circle ACS-430提供經典的植物指數數據(NDVI和SRI等),以及來自植物冠層和土壤的基本反射信息。

與被動傳感器不同,Crop Circle ACS-430不會受外界光強的限制,測量可以在白天或夜間進行。

Crop Circle ACS-430傳感器可以安裝到各種類型的車輛上,并且進行田間測量,緊湊的尺寸和低重量的設計使Crop Circle ACS-430可以很容易地適應支桿安裝和手持式應用。傳感器產生的信息可以被用于定量的營養物質、水、疾病或其他生長條件對植物或作物的影響。

多通道光譜測量

ACS-430有三個可選的測量頻道,傳感器同時測量植物/土壤在670nm/730nm/780nm處的反射值,ACS-430傳感器的主要特點是測量時與高度無關,Holland Scientific把這種反射測量稱作Pseudo Solar Reflectances (PSR)。因此光譜反射值會因為傳感器的高度而改變,因此不使用比例計算,就可以獲得數十個參數。(來源于: -canopy -sensor/)


2.8 環境傳感器 

2.8.1  天氣傳感器

CLIMA SENSOR US NHTFB(超聲波)傳感器可以實現免維護,且沒有可動磨損部件,如或軸承等。

本系統可連接例如風速、風向、聲學虛擬溫度、空氣溫度、相對空氣濕度、亮度、空氣壓力、降雨量等傳感器,用于環境參數的收集。


2.9  常規傳感器

本系統可加載PAR傳感器、二氧化碳傳感器等。


德國IPK安裝的Rhizotrone根系分析系統,由德國LemnaTec設計、德國MK公司施工建設。相關視頻,請點擊:德國IPK安裝的Rhizotrone根系分析系統。


產地:德國LemnaTec

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