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高通量小型植物光合表型測量系統

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慧諾瑞德(北京)科技有限公司(PhenoTrait)是一家以植物表型為核心的AIoT+DT技術公司,是國家企業、中關村企業和全國科技型中小企業。公司利用智能感知、多源多維多譜視覺技術、人工智能、自動化和物聯網技術,為大范圍、高通量獲取與農作物品質、產量、抗性相關的植物表型及環境數據提供系統解決方案,為智慧育種、智慧種植和產業鏈賦能。表型組是基因組之后生命科學研究和產業應用的又一戰略制高點。慧諾瑞德,用表型之“瞳”,筑科研之基,拓產業之路,賦農業之慧。 公司是國際植物表型學會(IPPN)會員,創始人韓志國博士是IPPN執委會成員、工業分會副主席(2020-2024),也是我國“植物表型”這一細分市場的創建者。公司是亞太植物表型國際會議(APPPcon)發起單位和China Plant Phenotyping Network (CPPN)發起單位。公司先后榮登2020國際未來農業食品榜生物農業TOP20。和2022國際未來農業食品榜種業創新TOP20。 公司旗下的學術公眾號“植物表型資訊”,已成為華人植物表型圈影響力的公眾號;公司參與發起的“百博智慧大講堂”,已成為國內的線上學術講座平臺之一。
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高通量小型植物光合表型測量系統PhenoMate是一款對小型植物自動進行頂部高通量光合表型高清成像(600萬像素)測量的系統,配備6種濾光片進行葉綠素熒光成像和反射光譜成像
高通量小型植物光合表型測量系統 產品詳情

 

高通量小型植物光合表型測量系統PhenoMate是一款對小型植物自動進行頂部高通量光合表型高清成像(600萬像素)測量的系統,配備6種濾光片進行葉綠素熒光成像和反射光譜成像。能夠獲得用于表型分析的可見光成像、用于光合作用分析的葉綠素熒光成像、在近紅外區的NIR反射成像RNIR、反映葉綠素含量的葉綠素指數成像RChl,以及反映花青素含量的花青素指數成像RAnt。

 

PhenoMate包括帶成像系統的直角坐標機器人系統、帶NAS的控制電腦系統、預裝分析軟件的分析電腦系統(配備24英寸顯示器、鍵盤、鼠標)等。

 

PhenoMate配備4.5m x 2m或6m x 3m的培養桌用于放置植物進行測量及培養,配備直角坐標機器人用于在x-、y-和z-方向上自動移動成像系統。

  • 對于4.5m x 2m的系統而言,可以放置78盆(冠層240mm x 240mm)到1248盆(冠層60mm x 60mm)植物;
  • 對于6m x 3m的系統而言,可以放置190盆(冠層240mm x 240mm)到3040盆(冠層60mm x 60mm)植物。

 

PhenoMate的成像單元每次可以測量多達16株植物(冠層60mm x 60mm ),而這16株植物都可以進行獨立分析。用這種方法大大提高了測量效率,做到了高通量植物表型測量。

 

PhenoMate系統于2020年入駐大名鼎鼎的紐約古根海姆博物館!
 

 

技術原理

葉綠素a熒光作為光合作用研究的探針,是研究各種逆境脅迫(干旱、高溫、低溫、營養缺失、污染、病害等)對植物影響的強大工具,亦被廣泛用于篩選同一植物品種的不同基因型。葉綠素a熒光不僅能反映光能吸收、激發能傳遞和光化學反應等光合作用的原初反應過程,而且與電子傳遞、質子梯度的建立及ATP合成和CO2固定等過程有關。幾乎所有光合作用過程的變化均可通過葉綠素a熒光反映出來,而熒光測定技術不需破碎細胞,不傷害生物體,因此通過研究葉綠素a熒光來間接研究光合作用的變化是一種簡便、快捷、可靠的方法。針對葉綠素a熒光的測量方法和參數分析方法已經成為光合作用研究的一個重要領域。

 

功能特性

  • 利用直角坐標機器人實現X-Y-Z軸自動移動
  • 測量范圍4.5m x 2m或6m x 3m
  • 帶兩套潮汐式灌溉水培系統
  • 能夠進行葉綠素熒光成像、葉綠素指數成像、花青素指數成像和可見光成像
  • 配備控制電腦和分析電腦
  • 配備控制軟件和分析軟件
  • 配備NAS(網絡附屬存儲)系統

 

大名鼎鼎的彭博社為瓦赫寧根大學的PhenoMate系統(瓦大專用名稱為Phenovator)拍攝的視頻

 

主要應用領域

  • 擬南芥和其它小型植株的光合作用和表型研究
  • 光合作用機理研究,全葉片和整株植物的光合作用測量
  • 環境脅迫對植物的影響
  • 基因型篩選、突變株篩選
  • 植物功能基因組學研究
  • 脅迫損傷的早期檢測
  • 植物病理學、毒理學、環境科學研究

 

主要技術參數

  • 成像面積:24 cm x 24 cm
  • 光照面積:30 cm x 30 cm
  • 相機傳感器類型:CCD
  • 相機分辨率:600萬像素,即2440 x 2440像素
  • 光譜范圍:350-950 nm
  • 鏡頭類型:高質量百萬像素鏡頭
  • 光纖濾光片輪:6種高質量光學干涉濾光片,步進電機驅動
  • 直角坐標機器人:全自動控制,定位精度100 um
  • 培養桌尺寸: 4.5m x 2m或6m x 3m ,可定制化設計。
  • IT硬件:相機和直角坐標機器人由兩套獨立的電腦系統控制,并由一個帶NAS系統的服務器電腦控制整套設備。NAS系統用于數據通訊、數據存儲、數據備份,配備4 Tb硬盤進行鏡像數據存儲。

 

利用PhenoVation光合表型成像技術發表的部分文獻

  1. Casto A L, Schuhl H, Schneider D, et al. (2021) Analyzing chlorophyll fluorescence images in PlantCV. Earth and Space Science Open Archive:5. https://doi.org/10.1002/essoar..2
  2. Wang L, Liu F, Hao X, et al. (2021) Identification of the QTL-allele System Underlying Two High-Throughput Physiological Traits in the Chinese Soybean Germplasm Population. Frontiers in Genetics, https://doi.org/10.3389/fgene.2021.600444
  3. Farooq M, van Dijk A D J, Nijveen H, et al. (2021) Prior Biological Knowledge Improves Genomic Prediction of Growth-Related Traits in Arabidopsis thaliana. Frontiers in Genetics, 11:609117. doi: 10.3389/fgene.2020.609117
  4. He Y, Li Y, Yao Y et al. (2021) Overexpression of watermelon m6A methyltransferase ClMTB enhances drought tolerance in tobacco by mitigating oxidative stress and photosynthesis inhibition and modulating stress-responsive gene expression. Plant Physiology and Biochemistry, 168: 340-352.
  5. Wang W, Liu D, Qin M et al. (2021) Effects of Supplemental Lighting on Potassium Transport and Fruit Coloring of Tomatoes Grown in Hydroponics. International Journal of Molecular Sciences, 22(5): 2687 https://doi.org/10.3390/ijms
  6. Singh R R, Pajar J A, Audenaert K, et al. (2021) Induced Resistance by Ascorbate Oxidation Involves Potentiating of the Phenylpropanoid Pathway and Improved Rice Tolerance to Parasitic Nematodes. Frontiers in Plant Science, 12:713870. doi: 10.3389/fpls.2021.713870
  7. Vidak M, Lazarevic B, Petek M, et al. (2021) Multispectral Assessment of Sweet Pepper (Capsicum annuum L.) Fruit Quality Affected by Calcite Nanoparticles. Biomolecules, 11(6), 832; https://doi.org/10.3390/biom
  8. Lazarevic B, Satovic Z, Nimac A, et al. (2021) Application of Phenotyping Methods in Detection of Drought and Salinity Stress in Basil (Ocimum basilicum L.). Frontiers in Plant Science, 12:629441. doi: 10.3389/fpls.2021.629441
  9. Romero-Perez A, Ameye M, Audenaert K, et al. (2021) Overexpression of F-Box Nictaba Promotes Defense and Anthocyanin Accumulation in Arabidopsis thaliana After Pseudomonas syringae Infection. Frontiers in Plant Science, 12:692606. doi: 10.3389/fpls.2021.692606
  10. Meng L, Mestdagh H, Ameye M, et al. (2021) Phenotypic variation of Botrytis cinerea Isolates is influenced by spectral light quality. Frontiers in Plant Science, 11:1233. doi: 10.3389/fpls.2020.01233
  11. De Zutter N, Ameye M, Debode J, et al. (2021) Shifts in the rhizobiome during consecutive in planta enrichment for phosphate-solubilizing bacteria differentially affect maize P status. Microbial Biotechnology, doi:10.1111/1751-7915.13824
  12. Stambuk P, Sikuten I, Preiner D, et al. (2021) Screening of Croatian Native Grapevine Varieties for Susceptibility to Plasmopara viticola Using Leaf Disc Bioassay, Chlorophyll Fluorescence, and Multispectral Imaging. Plants, 10, 661. https://doi.org/10.3390/plants
  13. Tan J, de Zutter N, de Saeger S, et al. (2021) Presence of the Weakly Pathogenic Fusarium poae in the Fusarium Head Blight Disease Complex Hampers Biocontrol and Chemical Control of the Virulent Fusarium graminearum Pathogen. Frontiers in Plant Science, https://doi.org/10.3389/fpls.2021.641890
  14. Flood P, Theeuwen T, Schneeberger K, Keizer P, Kruijer W, et al. (2020) Reciprocal cybrids reveal how organellar genomes affect plant phenotypes. Nature Plants, 10.1038/s41477-019-0575-9ff. ffhal-v2f
  15. Velivelli S L S, Czymmek K J, Li H, Shaw J B, Buchko G W, Shah D M. (2020) Antifungal symbiotic peptide NCR044 exhibits unique structure and multifaceted mechanisms of action that confer plant protection. PNAS, DOI: 10.1073/pnas.2003526117
  16. Bhatnagar N, Pandey S. (2020) Heterotrimeric G-Protein Interactions Are Conserved Despite Regulatory Element Loss in Some Plants. Plant Physiology, DOI: https://doi.org/10.1104/pp.20.01309
  17. Venneman J, Vandermeersch L, Walgraeve C et al. (2020) Respiratory CO2 Combined With a Blend of Volatiles Emitted by Endophytic Serendipita Strains Strongly Stimulate Growth of Arabidopsis Implicating Auxin and Cytokinin Signaling. Frontiers in Plant Science, https://doi.org/10.3389/fpls.2020.544435
  18. Tan J, Ameye M, Landschoot S et al. (2020) At the scene of the crime: New insights into the role of weakly pathogenic members of the fusarium head blight disease complex. Molecular Plant Pathology, DOI: 10.1111/mpp.12996
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  40. Kastelein P, Krijger M, Czajkowski R, van der Zouwen P S, van der Schoor R, Jalink H, van der Wolf J M. (2014) Development of Xanthomonas fragariae populations and disease progression in strawberry plants after sprayinoculation of leaves. Plant Pathology, 63(2): 255-263.
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